近年来非淋菌性尿道炎的发病率呈稳定或上升趋势。在我国目前占性病病例总数第一位，好发于青壮年，男女均可发病，一般男性多于女性。主要以性接触为主要传播途径，间接接触被患者接触和使用污染的物品如床单、浴巾、坐便器等，也可被传染。
非淋菌性尿道炎主要由沙眼衣原体(40%～50%)和解脲支原体(20%～30%)两种病原微生物引起，另外也发现其他一些微生物如：阴道毛滴虫、念珠菌、单纯疱疹病毒等病原微生物引起。
眼衣原体为介于细菌与病毒之间的细胞内寄生微生物，有15个血清型，其中D～K 8个血清型主要感染泌尿生殖道。衣原体通过微小损伤进入机体，原体吸附于易感的柱状黏膜上皮细胞，细胞围绕原体内陷形成空泡，称吞噬体。将衣原体接种于尿道内5~14天后，黏膜表面分叶核白细胞增多，形成分泌物，黏膜上可见沙眼样小结节，黏膜下只有淋巴细胞浸润，长期慢性的感染及再感染可导致纤维化。衣原体感染后，IgG、IgM及IgA抗体增高。细胞免疫可引起组织增生。
支原体是一群介于细菌和病毒之间，能独立生存的最小微生物，从人类泌尿生殖道检出的支原体有7种之多，其中解脲支原钵与本病有密切关系。解脲支原体常寄生在人体的泌尿道和呼吸道上皮内，具有将尿素分解成氨的特性，因此得名。解脲支原体在一定条件下能引起尿道炎。支原体一般以其顶端结构与宿主细胞上副体(主要是唾液酸)而黏附于细胞上，一般为细胞表面感染，大多不侵入血液。其致病性可通过不同机制引起细胞损伤：①从细胞膜获得脂质与胆固醇作养料;②产生有毒的代谢产物，如尿素酶水解尿素放出大量氨，对细胞有害。
